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日人依據馬關條約取得臺灣，臺灣進入日治時期。日人統治初期，臺灣風土病盛行，統治與管理不易。至第四任臺灣總督兒玉源太郎起及民政長官後藤新平，始加速推動近代化的措施。其中，尤以改善臺灣地理環境、醫療體系、衛生習慣、供給自來水、設置下水道等，致力於擺脫風土病的肆虐，大幅降低臺灣人口的死亡率。

第二次世界大戰結束後，臺灣進入中西醫並行的時代。1995年3月1日，開辦全民健康保險，為戰後臺灣醫療史的大事。茲以全民健保開辦作為分水嶺，介紹戰後中西醫療體系的競合關係，以及全民健康保險開辦的歷程。