醫學博士馬雅各(Dr.James L.Maxwell)醫師，於1865年5月28日正式受英國蘇格蘭長老教會海外宣道會所派，在臺灣南部的打狗(現今高雄)登陸。和他同來的尚有杜嘉德(Rev. Carstairs Douglas)與威利(Rev.Alexander Wylie)兩位牧師，以及吳水文、陳子路、黃嘉智三位漢人信徒為助手。他們來到臺南府城西門外的看西街租屋，並於1865年6月16日開始設教行醫。後來因為臺灣人以為馬醫生以病人的心肝配藥施醫，或奉耶穌的名念咒挖出死人的眼球等等，遭百姓包圍住所，並以石頭攻擊，官府亦下令他們離開府城，於是被迫到打狗的旗後(旗津)，繼續佈道行醫，成效不錯，並有高長等最初的信徒四人。 1865年11月由英國商人必麒麟(William A. Pickering)帶領馬雅各醫師進入旗山附近的木柵、拔馬和台南附近的玉井、左鎮、崗仔林等平埔族地區傳教而大受歡迎，並設立教會。1867年在埤頭(鳳山)成功的設教。1867年12月13日首任駐臺牧師李庥(Rev. Hugh Ritchie)偕夫人抵達打狗，他是屏東、阿里港、東港及東部教區的開拓者。1868年馬雅各醫師又將傳教中心自打狗移往臺南府城，積極在此進行醫療傳道。 1871年12月10日甘為霖博士(Rev. Dr. William Campbell)來台，來臺傳教47年之久，是澎湖和嘉義教區的開拓者。南臺灣長老教會傳入會被當地人的認同到接受大部分還是因病而得信，因此，醫療傳道是長老教會得以傳入臺灣的關鍵因素。
